学费改革

长期以来，德国的高等学校无偿为学生提供教育机会，每个学生全年的费用高达13万马克，这对于学校来说是一个极大的负担；而且，对学生在校学习的年限限制不强，出现了学生赖在大学中数年不走的现象。在政府拨款远远不足，大学筹集经费困难的情况下，慕尼黑大学校方正在考虑是否向学生收取适度的学费，数量大约在2,000至4,000马克之间。这样做有两个目的：一是减少在大学中滞留的学生数量；二是可以增加经费来源，并且，只要在收费的同时实行一些补救性的措施就不会把一些有才华而经济拮据的学子拒之门外。

废院改系

慕尼黑大学主要吸取了美国大学的一些设置和作法，废除了过去设置的几大学院，在学院下面再设系、专业，提高各专业的地位。

国际学生

以前德国大学对待外国申请者是冷面孔的时候居多，学生没有奖学金；而且，在德国大学拿到学位需要的时间太长，求学者往往知难而退。有鉴于此，慕尼黑大学积极落实德国政府于1996年5月出台的鼓励外国人赴德留学的新政策。虽然现阶段国际学生数量不足学生总数的1/10，但在授予外国学生奖、助学金方面了有了一定程度的改善。

学科改革

近几年，慕尼黑大学大刀阔斧地削减掉一些过时的专业，同时又以更大的积极性增加了一些新型专业，如：在数学学院中加大信息学和计算机科学的比重，在国民经济学院中也加对一些当前经常现象研究的力度等。