波茨坦大学下属五个学院：

法学院

法学院的课程包括了成为一名完全法官（德语：Volljurist）所需的全部基础和必修科目，以及民法、刑法和公共法等。

法学院的教研重点是法律基础、民事司法制度、经济法、国际法、公共行政，以及经济、税务、和环境刑法。此外还有区域发展学（Kommunalwissenschaft）系为区域发展领域提供的其他培训和进修，以及人类法律中心（MenschenRechtsZentrum）提供的国际关系课程。

法学院的一个全国特色专业，是和法国巴黎拉德芳斯的巴黎第十大学合作设置的“德-法法学专业”。此专业不仅提供交流项目，还在第一、二学年，为学生提供学习法国法律的机会。有关法国法律的课程，会由法国客座讲师用法语教授。

哲学学院

哲学学院由神学、犹太学、哲学、历史学、精典语言学、日耳曼语言文学、英文学、美洲学、罗曼学、斯拉夫学以及艺术和媒体专业组成。这些专业的重点研究主题，涵盖了文化变迁、生活方式、生活哲学、以及在欧洲的地域性和同一性等层面。

人类学学院

经济和社会科学学院由企业和国民经济学、政治学、管理学和社会学系组成。其他教研重点包括革新和技术领域。

数学和自然科学学院

由生物化学、生物学、化学、食品科学、地理学、地球和环境科学、信息学、数学、物理学、天文学系，以及波茨坦植物园。重要的专业有地理生态学、地理科学、食品科学、高分子科学和软件系统工程。